Brico-moléculaspreparación de modelos moleculares a partir de la fórmula dibujada

  1. Herráez Sánchez, Ángel
Revista:
RED: revista de educación a distancia

ISSN: 1578-7680

Año de publicación: 2012

Número: 30

Tipo: Artículo

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Resumen

La percepción de las moléculas como entidades tridimensionales es una destreza esencial en química y biología. Muchas herramientas informáticas adecuadas dependen de la disponibilidad de archivos de coordenadas. Es, pues, interesante disponer de una herramienta que permita a cualquiera construir a voluntad un modelo para cualquier molécula. La aplicación presentada aquí, ¿Brico-moléculas¿, se ejecuta en un navegador web sin software especial y puede usarse tanto localmente (p. ej. en CD-ROM) como en internet. La interfaz integra un panel para dibujar la estructura química, un mecanismo para generar una conformación optimizada y otro panel interactivo donde se muestra ésta en tres dimensiones. Además, la optimización en tiempo real de la estructura plana hacia una conformación tridimensional añade un gran valor pedagógico, pues el usuario ve cómo los enlaces se estiran y agitan hasta que el modelo alcanza una estereoquímica correcta. El modelo generado se puede grabar o enviar al profesor para su evaluación.

Referencias bibliográficas

  • Herráez, A. (2010). Brico-moléculas. Recuperado 10 de enero de 2012, de http://biomodel.uah.es/quimica/
  • JChemPaint: an open-source editor for 2D chemical structures (s.f.). Recuperado 10 de enero de 2012, de http://sourceforge.net/apps/mediawiki/cdk/index.php?title=JChemPaint
  • Jmol: un visor Java de código abierto para estructuras químicas en tres dimensiones (s.f.). Recuperado 10 de enero de 2012, de http://www.jmol.org/
  • Martin, M. G. (2005). MCCCS Towhee (UFF). Recuperado 10 de enero de 2012, de http://towhee.sourceforge.net/forcefields/uff.html
  • Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III y Skiff, W. M. (1992). UFF, a rule-based full periodic table force field for molecular mechanics and molecular dynamics simulations. J. Am. Chem. Soc., 114, 10024-10035. doi:10.1021/ja00051a040
  • Symyx Solutions, Inc. (2010). CTfile Formats. Recuperado 10 de enero de 2012, de http://www.symyx.com/solutions/white_papers/ctfile_formats.jsp El formato MOLfile, originalmente de MDL, es un formato de archivo para estructuras moleculares 2D y 3D ampliamente extendido y compatible con numerosos programas informáticos.
  • Universal Force Field FAQ. (2001). Recuperado 10 de enero de 2012, de http://web.archive.org/web/20060110100545/http://franklin.chm.colostate.edu/mmac/u ff.html. Copia del documento original del sitio web de Colorado State University, fechado el 5 de febrero de 2001, en http://franklin.chm.colostate.edu/mmac/uff.html (no disponible actualmente).