Colonización por enterobacterias productoras de carbapenemasas durante el proyecto europeo r-gnosisepidemiología, estructura poblacional y caracterización molecular

Resumen

La aparición y diseminación incontrolada de enterobacterias productoras de carbapenemasas o EPC es actualmente uno de los principales problemas de Salud Pública. En esta tesis se estudió la incidencia de pacientes colonizados por EPC en cuatro servicios del Hospital Universitario Ramón y Cajal durante el Proyecto Europeo RGNOSIS, diseñado para evaluar estrategias de aislamiento para portadores de enterobacterias productoras de betalactamasas de espectro extendido o EBLEE. Entre marzo 2014 y marzo 2016, la incidencia de EPC fue del 2 por ciento, aunque nuestros datos sugieren que el aislamiento preventivo de pacientes portadores de EBLEE puede ayudar a contener esta prevalencia. En total se caracterizaron 198 EPC de 162 pacientes, siendo un 57 por ciento de adquisición nosocomial y un 27 por ciento relacionados con ingresos previos en nuestro hospital o en otros centros. Se observó predominio de la especie K. pneumoniae, seguido de E. coli y Enterobacter cloacae complex, aunque a lo largo del estudio se registró una disminución en la diversidad de especies. La carbapenemasa más frecuente fue OXA48 seguido de VIM1, NDM1 y KPC3. El 55 por ciento de las EPC fueron coproductoras de BLEE, siendo OXA48 con CTXM15 en K. pneumoniae la asociación más frecuente. En general, amikacina, tigeciclina y colistina fueron los antibióticos más activos. Se identificaron dos clones predominantes de K. pneumoniae, el clon ST11 productor de OXA48 y CTXM15, y el clon ST54 productor de VIM1 y SHV12. Al final del estudio se observó la diversificación de OXA48 en la especie K. pneumoniae, coincidiendo con la emergencia de clones E. coli del CC10 productores de OXA48. Para entender los mecanismos genéticos implicados en la adquisición y diseminación de los genes de carbapenemasa, se establecieron tres objetivos secundarios. El primero fue analizar en un subgrupo de 23 pacientes cocolonizados por diferentes especies de EPC, la transferencia de los genes blaOXA48, blaVIM1 y blaKPC3. La cocolonización con OXA48 fue la más frecuente, siendo K. pneumoniae y E. coli las especies predominantes. Ambas especies productoras de OXA48 se detectaron creciendo juntas en 15 pacientes, pero con frecuencia tras una colonización previa por K. pneumoniae OXA48. Se describe una alta transmisión in vivo de los genes de carbapenemasa, principalmente desde K. pneumoniae a E. coli, a través de la transferencia horizontal de un plásmido IncLpOXA48 dominante, pero también de forma esporádica por plásmidos pVIM1 relacionados y pKPC3 no relacionados. En segundo lugar, se describe por primera vez la diseminación clonal de Kluyvera spp. productora de OXA48 y de la nueva variante CTXM213 en 6 pacientes de nuestro hospital. De uno de estos aislamientos se realizó la secuenciación del genoma completo y el análisis bioinformático. blaOXA48 se localizó en un plásmido IncL de 60kb relacionado con IncLMpOXA48a y blaCTXM213 en una región conservada cromosómica conservada del género Kluyvera. Se identificó también un plásmido IncFII de 177kb con un integrón de clase I y los genes sul1 y aadA2 y otro plásmido IncQ de 9kb con blaFOX8. Por último, se describe un brote por K. pneumoniae productora de NDM1, CTXM15 y DHA1 en el servicio de Neurocirugía entre septiembre 2015 y febrero 2016, que afectó a nueve pacientes. El caso índice era procedente de Pakistán. Se identificaron dos clones, ST437 y ST101, con diferentes plásmidos portadores de NDM1 y con una alta corresistencia a otros antimicrobianos. En dos pacientes se detectó también coexistencia con K. pneumoniae OXA48 ST11 o con K. pneumoniae VIM1 ST54, K. pneumoniae VIM1 ST908 y E. coli VIM1 ST43. Este complejo escenario epidemiológico podría facilitar la diseminación de las EPC en la comunidad a través de clones epidémicos y no epidémicos multirresistentes. La implementación adecuada de medidas de control y de programas de vigilancia activa para detectar colonización es imprescindible para prevenir la diseminación global de las EPC.