Algoritmo basado en colonias de hormigas para biclustering de microarreglos de ADN

Resumen

Los microarreglos de ADN contienen información de los niveles de expresión de miles de genes bajo múltiples condiciones experimentales. Una de las técnicas de análisis de datos empleadas en los microarreglos es el biclustering, que ayuda a identificar patrones locales de los datos. La búsqueda de biclusters es un problema complejo, que ha sido tratado desde múltiples enfoques. El presente trabajo, propone un algoritmo basado en colonias de hormigas para la búsqueda de biclusters con evolución coherente en microarreglos de ADN. El algoritmo propuesto emplea k colonias de hormigas, cada una de las cuales busca el bicluster que mejor se ajuste al patrón formado por una fila de referencia seleccionada aleatoriamente. En cada colonia, n hormigas construyen los biclusters, partiendo de la matriz completa y eliminando una fila o columna en cada iteración, hasta lograr el Residuo Cuadrático Medio Escalado (SMSR) definido o alcanzar el mínimo número de filas o columnas establecido. El algoritmo fue probado sobre un conjunto de datos artificiales y dos conjuntos de datos reales. El promedio del Residuo Cuadrático Medio de los biclusters hallados por el algoritmo propuesto resultó ser menor que el alcanzado en otros algoritmos; dando muestra de su efectividad.