Modelización molecular de complejos proteína-ligando y cribado automático de librerías de ligandos

Resumen

Se implementó un método de modelización de cavidades en proteínas. Se modelaron 9 mutantes con cavidad de las flavodoxinia de Anabaena y se eligieron 5 de ellas para caracterizar su estructura, estabilidad y unión a pequeñas moléculas. A continuación se diseñó un método computacional para predecir la unión de pequeñas moléculas en cavidades enterradas así como para calcular el cambio de energía libre de unión de los complejos. Se modelaron complejos Hanodoxino mutante w66F/L44A-ligandos y se ensayó su formación experimentalmente mediante técnicas espectroscópicos. Paralelamente se implementó un método de cribado masivo de bibliotecas de ligandos en cavidades enterradas. Se implementó una función de puntaución que alistaba en los primeros puestos de la lista de candidatos a ligandos reales de una cavidad de la lisozina L99A. Habiendo comprobado la eficacia del método se buscaron algunos ligandos de la Havodoxinc con cavidad W66F/L44A y se ensayaron experimentalmente. Los ensayos experimetnales demostraron 9' los ligandos predichos a unirse en la cavidad se unión a dicha región y los no unidores predichos no lo hacían. Quedó demostrado 9' el método de diseño de proteínas transporiadoras de lejandos es efectivo, ahorrando una gran cantidad de tiempo en ensayos experimental de cristalización y unión de moléculas.