Estudio de la diversidad de las poblaciones de géneros minoritarios de actinomicetes, desarrollo de técnicas moleculares para su detección, aislamiento e identificación

Résumé

Las Técnicas moleculares que se han desarrollado en los últimos años permiten plantear el diseño de nuevas herramientas para abordar el estudio y la caracterización de nuevos microorganismos obtenidos del entorno. Entre ellos figuran los actinomicetos pertenecientes a la familia Pseudonocardiaceae cuya extensa diversidad morfológica y la dificultad que presenta su caracterización taxonómica justifican el planteamiento de un abordaje alternativo que permita la identificación inequívoca de un elevado número de cepas. Este trabajo ha planteado el diseño de oligonucleótidos a partir de la información obtenida del análisis comparativo de las secuencias del ARN 16S de cinco géneros de la familia Pseudonacardiaceae: >accharomonospora, Saccharopolyspora, Pseudonocardia, Amycolatopsis y Saccharothrix. La caracterización de la especificidad de estas parejas de oligonucleótidos se ha realizado mediante experimentos de amplificación con el ADN genómico de cepas de referencia, lo que permite evaluar su utilización en la identificación de las cepas pertenecientes a dichos géneros a partir de un grupo de cepas salvajes. Posteriormente se ha estudiado la diversidad de secuencias que las parejas de oligonocleótidos son capaces de detectar dentro de cada género y se han caracterizado quimiotaxonómicamente las cepas en estudio mediante el análisis de ácidos grasos. Como abordaje alternativo a la amplificación se ha estudiado la aplicación de los oligonucleótidos específicos de género como sondas de hibridación a ácidos nucleicos en condiciones de marcaje no radiactivo, lo que representa una herramienta adicional aplicable al estudio de elevados números de cepas. Finalmente, se ha abordado la aplicación de las sondas para la detección de miembros de estos géneros a partir de ácidos nucleicos extraidos de muestras de tierra, un primer paso hacia el aislamiento monitorizado de nuevas cepas y hacia el estudio de la distribución in situ de los diferentes miembros de la familia Pseudonocardiaceae.